Для того, чтобы сжать PDF файл не разбирая и не собирая его вручную, воспользуемся ghostscript. Убедимся, что он установлен:
sudo apt-get install ghostscript
А затем сожмем PDF:
gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/ebook -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=output.pdf input.pdf
Что есть input.pdf и output.pdf, думаю понятно.