export HISTCONTROL=ignoreboth:erasedups
Не помогает от слова "совсем".
Поэтому используем более продвинутое решение
nl ~/.bash_history | sort -k 2 -k 1,1nr | uniq -f 1 | sort -n | cut -f 2 > unduped_history
mv unduped_history ~/.bash_history
history -c
history -r
Эти операции придется проделывать регулярно, что не очень удобно. Можно завернуть в systemd сервис. Но я пока ограничусь bash-скриптом